FTA 체결국과 거래할 때 관세율 적용 방식은 일반 수입 거래와 조금 다릅니다. 우선 두 나라가 FTA에서 합의한 품목별 관세 인하·철폐 일정에 따라 세율이 달라집니다. 대부분의 경우 일정 기간에 걸쳐 단계적으로 낮추거나, 협정 발효와 동시에 0%로 만드는 방식이 있습니다. 예를 들어 자동차 부품은 3년에 걸쳐 관세를 철폐하고, 일부 농산물은 10년 이상에 걸쳐 천천히 낮추는 식입니다.
하지만 모든 수입품이 무조건 FTA 관세 혜택을 받는 것은 아닙니다. ‘원산지 기준’을 충족해야 하고, 이를 증명하는 원산지 증명서가 있어야만 FTA 세율이 적용됩니다. 이 기준은 해당 제품이 협정국 내에서 일정 비율 이상 생산·가공됐는지를 따지는 규정입니다. 원산지 요건을 충족하지 못하면 FTA가 체결돼 있어도 일반 관세율이 그대로 부과됩니다.
또한 같은 품목이라도 FTA 미체결국에서 들여오는 경우에는 기존의 기본 관세율(HS 코드별 MFN 세율)이 적용됩니다. 따라서 수입업체 입장에서는 어떤 나라에서 들여오는지, 그 나라와의 협정 내용이 무엇인지, 원산지 요건을 맞출 수 있는지가 관세율을 결정하는 핵심 요소입니다.